Teine selle Tee vili on “kogudused misjonis”. Kohtumisel paavst Benedictus XVI Püha Peetruse basiilikas 10. jaanuaril 2009, tähistades 40 aasta möödumist Neokatehhumeenilise Tee esimese koguduse sünnist Roomas, kui Püha Isa lähetas 15 esimest kogudust Rooma äärelinna.
Need kogudused olid lõpetanud Neokatehhumeenilise Tee ja valmis jätma oma kiriku ning minema preestri kutsel misjonisse teistesse äärelinna kirikutesse. Sinna, kus elavad vägivaldsed inimesed, allakäinud või väga vaesed ja sisserändajad ning lokkab narkomaania.
Tutvustades seda uut missiooni, rõhutas Kiko: “Tee lõpeb evangeeliumi kuulutamisega kõikjal maailmas. Üks suurematest uuendustest on see, et misjonisse läheb terve kogudus. Mitte vaid mõned vennad ja õed, vaid terve kogudus. See on tohutu suur arm ja ime, et Jumal teid selleks on valinud. On suurepärane võimalus minna misjonisse, kui Issand annab sulle ülesande – surra ja vananeda misjonis.”
Just paavst Franciscus räägib oma entsüklikas „Evangelii Gaudium” vajadusest kuulutada väljaspool kirikut äärealadel: nii piirkonna kui ka eksistentsi mõttes.
Ka Madriidi piiskopkonnas, kus Tee sündis, elab selle kogemusega 45 kirikut, kus on palju kogudusi ja kõigil on sama kogemus. 2011. aastal oli Madriidi peapiiskopiks kardinal Rouco Varela, kes saatis misjonisse 10 esimest kogudust.
Praegune Madriidi peapiiskop, kardinal Carlos Osoro Sierra läkitas 22. märtsil 2015 teele 8 uut kogudust. Madriidis on praegu kokku 18 kogudust misjonis.
5. mail 2018 saatis paavst Franciscus Neokatehhumeenilise Tee esimese, Roomas asutatud koguduse 50. aastapäeva tähistamiseks korraldatud suurel kohtumisel Tor Vergatas teele 25 misjonikogudust erinevatesse Rooma kirikutesse, et toetada kristlikku elu ja tugevdada raskustes kogudusi.
Jeesuse ütluses: “Minge…” on kiriku evangeliseerimismissiooni juhtmõte väljakutsena alati uus. Me kõik oleme kutsutud olema need misjonärid – valmis asuma teele. Iga kristlane ja kogudus peab mõistma, mis on tee, mida Issand meile näitab. Aga me kõik oleme oodatud ka seda kutset vastu võtma – väljuma oma mugavast elust, et minna äärealadele, kus vajatakse evangeeliumi valgust.”